「假如我變成壞人的話，學長就不會原諒我了吧？」
少年想要守護少女，僅此而已的故事。
魔術師〈Master〉和英靈〈Servant〉，圍繞著能夠實現所有愿望的許愿機「圣杯」而戰斗——在「圣杯戰爭」發生的10年后，冬木市又一次掀起了戰爭。
前代「圣杯戰爭」的參加者衛宮切嗣的養子·衛宮士郎繼承了遺志，終于下定決心參戰。
士郎的身邊，陪伴著仰慕他的少女——間桐櫻。她每天早晨晚上都來到衛宮家，為他打掃房間和制作料理，孑然一身的她和士郎度過了平穩而又溫情的日常。
但是隨著戰爭的開始，冬木市街道上到處發生著殺人事件，險惡的空氣開始流動。所以士郎決定讓櫻留宿在自己家里。
士郎召喚出從者·Saber的同時，和身為正統魔術師的遠坂凜結盟面對「圣杯戰爭」。但是，這場戰爭由于某些人的暗中策劃而發出不和諧音，開始變得扭曲了
