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季節變換，劣等生的哥哥與優等生的妹妹馬上就會迎接魔法科高中的第二個春天。達也 與 深雪 利用春假的期間來到了小笠原諸島的別莊渡假，二人在這裡遇到了從海軍基地脫逃的少女「九亞」，此時少女提出了一個心願ーー。
